Indemnité pour arrêt maladie : 5 étapes pour comprendre votre droit et bien la calculer

27 mai 2026

L’indemnité pour arrêt maladie désigne les sommes versées par l’Assurance Maladie pour compenser partiellement la perte de salaire lorsqu’un salarié se trouve dans l’impossibilité de travailler pour raisons médicales. Ces indemnités journalières (IJ) constituent un filet de sécurité financier essentiel, permettant de maintenir une partie de ses revenus pendant toute la durée de l’interruption d’activité prescrite par un médecin.

indemnité pour arret maladie

Chaque année, des millions de salariés français se retrouvent en arrêt de travail, parfois sans avoir anticipé les conséquences financières réelles. Entre le délai de carence, les conditions d’éligibilité méconnues, le rôle de l’employeur et la fiscalité applicable, les règles sont nombreuses et souvent mal comprises. Une mauvaise lecture de ses droits peut coûter plusieurs semaines de revenus inattendus.

Ce guide détaille les conditions d’accès aux IJ maladie, leur mode de calcul avec des exemples chiffrés, le fonctionnement du délai de carence, les démarches à accomplir pas à pas et les situations particulières à connaître pour ne pas perdre un euro de ce à quoi vous avez droit.

Pas le temps de lire l’article ?

  • Les indemnités journalières maladie représentent 50 % de votre salaire journalier après 3 jours de carence, plafonnées à 60 € par jour.
  • L’Assurance Maladie verse les IJ directement au salarié, mais l’employeur peut verser un maintien de salaire via convention collective.
  • La durée de versement dépend de votre ancienneté : 30 jours la 1re année, jusqu’à 90 jours après 1 an d’ancienneté.
  • Les démarches clés incluent l’avis d’arrêt du médecin, la déclaration à l’employeur et la transmission à la CPAM dans les 48 heures.

Sommaire :

Qu’est-ce qu’une indemnité pour arrêt maladie et pourquoi c’est important pour vous

Lorsqu’un médecin prescrit un arrêt de travail, le salarié perd mécaniquement tout ou partie de son salaire. L’indemnité journalière maladie versée par l’Assurance Maladie (CPAM ou MSA selon votre régime) vient combler une partie de ce manque à gagner. Elle ne remplace pas intégralement le salaire, mais elle garantit une continuité financière minimale pendant la période d’incapacité.

Ces indemnités journalières sont distinctes du maintien de salaire que peut pratiquer un employeur selon sa convention collective ou un accord de prévoyance. En clair : les IJ légales constituent un socle de base, et l’employeur peut y ajouter un complément pour rapprocher la rémunération nette de son niveau habituel.

Comprendre cette distinction est fondamental. Trop de salariés pensent que l’Assurance Maladie prend tout en charge, ou à l’inverse que c’est uniquement l’employeur qui paie. La réalité met en jeu plusieurs acteurs simultanément, avec des règles précises qui définissent qui verse quoi, à quelle hauteur et pendant combien de temps.

Conditions d’éligibilité : qui a vraiment droit aux indemnités journalières maladie

Critères minimums à remplir

Pour percevoir les IJ maladie versées par l’Assurance Maladie, selon les règles en vigueur publiées par ameli.fr, vous devez satisfaire simultanément à plusieurs conditions :

  • Être salarié du secteur privé, agent contractuel de la fonction publique ou assimilé (intérimaire, apprenti, etc.).
  • Avoir travaillé au moins 150 heures au cours des 3 mois civils précédant l’arrêt, ou avoir cotisé sur la base d’un salaire au moins égal à 1 015 fois le SMIC horaire sur les 6 derniers mois (seuil 2025 indicatif).
  • Être en arrêt prescrit par un médecin, un chirurgien-dentiste ou une sage-femme : l’auto-arrêt ne donne aucun droit.
  • Avoir fait parvenir l’avis d’arrêt à la CPAM dans les délais impartis (48 heures).
  • Ne pas exercer une activité professionnelle rémunérée pendant l’arrêt, sauf cas de temps partiel thérapeutique autorisé.

Situations qui vous rendent inéligible

  • Être en période d’essai très courte sans avoir accumulé suffisamment d’heures de cotisation sur les trimestres précédents.
  • Travailler en dehors de toute déclaration (travail non déclaré) : aucune cotisation, aucun droit.
  • Être salarié de la fonction publique titulaire : ces agents relèvent d’un régime spécifique (maintien de traitement), pas des IJ de la CPAM.
  • Avoir repris une activité salariée sans en informer la CPAM, ce qui peut entraîner une suspension des droits et un remboursement des sommes perçues.
  • Avoir dépassé le nombre maximum de jours indemnisables sur une période de référence sans avoir rechargé ses droits par une période d’activité.

Comment calculer précisément votre indemnité journalière : formule et exemples concrets

La formule officielle de calcul

Selon les règles publiées par l’Assurance Maladie, l’indemnité journalière de base se calcule de la façon suivante : on additionne les salaires bruts des 3 derniers mois civils complets précédant l’arrêt, on divise par 91,25 (soit 3 mois × 30,42 jours en moyenne) pour obtenir le salaire journalier de base (SJB), puis on applique un taux de 50 %. Le plafond mensuel de la Sécurité Sociale (PMSS) sert de référence pour le calcul : seule la fraction du salaire inférieure ou égale à 1,8 fois le SMIC mensuel brut est retenue.

En 2025, le montant maximum de l’IJ est fixé à 52,28 euros par jour (hors majoration pour enfants à charge), selon les barèmes publiés par la CPAM. Au-delà du 31e jour d’arrêt et si vous avez au moins 3 enfants à charge, ce plafond peut être majoré d’un tiers, portant l’IJ maximale à environ 69,71 euros.

Exemples détaillés avec différents salaires et anciennetés

Profil Salaire brut mensuel Salaire brut 3 mois Salaire journalier de base IJ brute (50 %) Situation par rapport au plafond
Employé junior 1 800 € 5 400 € 59,18 € 29,59 € Sous le plafond
Technicien confirmé 2 500 € 7 500 € 82,19 € 41,10 € Sous le plafond
Cadre 4 200 € 12 600 € 138,08 € plafonnée à 52,28 € Plafond atteint

Plafond maximum et cas des salaires variables

Pour les salariés dont la rémunération comprend des commissions, des primes ou des heures supplémentaires variables, le calcul s’effectue sur la moyenne des 12 derniers mois de salaire brut et non sur les 3 derniers mois. Cette règle protège les salariés dont les revenus fluctuent selon les saisons ou les performances commerciales. Si vous percevez des primes annuelles importantes, il peut être utile de vérifier avec votre CPAM quelle base de calcul sera retenue selon votre situation personnelle, notamment à travers le simulateur disponible sur ameli.fr.

Le délai de carence expliqué : 3 jours où vous ne recevez rien

Pourquoi ce délai existe

En France, la législation prévoit un délai de carence de 3 jours pour tout arrêt maladie ordinaire. Cela signifie que le versement des IJ par l’Assurance Maladie ne commence qu’à partir du 4e jour d’arrêt. Les 3 premiers jours ne font l’objet d’aucune indemnisation de la part de la CPAM. Ce mécanisme, comparable à une franchise d’assurance, vise à décourager les arrêts de très courte durée et à concentrer les ressources sur les arrêts réellement significatifs.

Ce délai peut représenter une perte financière non négligeable, particulièrement pour les salariés dont l’employeur ne pratique pas le maintien de salaire dès le premier jour. Pour un salarié gagnant 2 000 euros nets par mois, 3 jours non indemnisés représentent environ 300 euros de manque à gagner.

Exceptions au délai de carence

  • Affection de longue durée (ALD) : le délai de carence ne s’applique pas pour les maladies reconnues en ALD (diabète, cancer, insuffisance respiratoire chronique, etc.). L’indemnisation commence dès le 1er jour.
  • Accident du travail et maladies professionnelles (AT/MP) : aucun délai de carence, indemnisation dès le lendemain de l’arrêt.
  • Rechute d’une même maladie dans les 30 jours suivant la reprise du travail : le délai de carence ne s’applique pas une seconde fois, selon les règles CPAM.
  • Grossesse pathologique reconnue : le délai de carence peut être levé selon la nature et la gravité de la pathologie.

Pour les douleurs chroniques invalidantes pouvant mener à des arrêts répétés, savoir si votre pathologie ouvre droit à une exonération du délai de carence peut faire une vraie différence sur le plan financier.

Qui verse réellement l’argent : l’Assurance Maladie, votre employeur ou les deux

Le rôle de l’Assurance Maladie et la subrogation

En règle générale, c’est la CPAM (Caisse Primaire d’Assurance Maladie) ou la MSA (Mutualité Sociale Agricole) qui verse les IJ directement au salarié, par virement bancaire tous les 14 jours environ. Mais un mécanisme appelé subrogation peut modifier ce circuit : si l’employeur maintient le salaire pendant l’arrêt, il peut demander à percevoir lui-même les IJ versées par la CPAM pour se rembourser. Le salarié reçoit alors son salaire habituel de l’employeur, et c’est l’entreprise qui récupère les IJ en remboursement auprès de l’Assurance Maladie.

La subrogation est avantageuse pour le salarié car elle simplifie la gestion administrative et garantit un versement régulier sans attendre le traitement de la CPAM. Elle est facultative pour l’employeur sauf disposition contraire de la convention collective.

Le maintien de salaire : complément potentiel de votre employeur

Source de revenu Qui verse Montant Conditions
IJ légales CPAM Assurance Maladie 50 % du SJB (plafonné) À partir du 4e jour, conditions de cotisation
Maintien de salaire légal Employeur Variable selon ancienneté 1 an d’ancienneté minimum, loi de mensualisation 1978
Complément de prévoyance Organisme de prévoyance Variable selon contrat Contrat collectif souscrit par l’entreprise

La loi de mensualisation de 1978 impose à tout employeur de maintenir une partie du salaire dès lors que le salarié justifie d’un an d’ancienneté. Mais les conventions collectives vont souvent au-delà : certaines prévoient un maintien à 100 % du salaire net dès le premier jour d’arrêt, sans délai de carence employeur. Avant un arrêt, vérifiez systématiquement votre convention collective auprès du service RH.

Durée de versement des indemnités : combien de temps serez-vous indemnisé

Durée légale selon votre ancienneté

Ancienneté dans l’entreprise Durée de maintien à 90 % du salaire brut Durée de maintien à 66 % du salaire brut
1 à 5 ans 30 jours 30 jours
6 à 10 ans 40 jours 40 jours
11 à 15 ans 50 jours 50 jours
Plus de 15 ans 60 jours 60 jours

Ces durées s’entendent par période de 12 mois glissants, pas par arrêt. Si vous avez épuisé vos droits sur une période, un nouvel arrêt dans la même année de référence ne donnera pas lieu à un nouveau maintien par l’employeur avant réinitialisation du compteur.

Arrêts maladie longs et très longs

L’Assurance Maladie verse les IJ maladie ordinaire pendant une durée maximale de 360 jours sur une période de 3 ans consécutifs. Au-delà, si l’état de santé du salarié ne permet pas la reprise, une orientation vers la pension d’invalidité peut être proposée par le médecin-conseil de la CPAM. Pour les affections de longue durée (ALD), cette limite de 360 jours peut être portée à 3 ans (1 095 jours) selon les dispositions applicables au régime général, d’après les informations publiées par l’Assurance Maladie.

Démarches pas à pas : votre checklist pour bien signaler votre arrêt maladie

Jour 1 : obtenir l’avis d’arrêt

  • Consultez un médecin (généraliste, spécialiste, urgences) qui vous remet un avis d’arrêt de travail en 2 volets distincts.
  • Volet 1 et 2 : destinés à la CPAM. Volet 3 : à conserver par le salarié (volet non transmis à l’employeur depuis 2024 pour les arrêts en ligne).
  • En cas d’arrêt prescrit par téléconsultation, les volets sont transmis directement à la CPAM par voie dématérialisée.

Jours 1-2 : informer votre employeur

  • Prévenez votre employeur dans les 48 heures (ou dans le délai prévu par la convention collective, parfois 24 heures).
  • Envoyez un e-mail ou un SMS avec accusé de lecture pour conserver une trace écrite de votre démarche.
  • Ne transmettez à l’employeur que le volet 3 de l’avis d’arrêt (celui sans diagnostic médical) : vous n’avez aucune obligation de divulguer la nature de votre maladie.

Jours 1-3 : transmettre à l’Assurance Maladie

  1. Envoyez les volets 1 et 2 à votre CPAM dans les 48 heures suivant la prescription, par courrier ou via le service en ligne ameli.fr.
  2. Vérifiez que votre dossier est bien enregistré sur votre espace ameli (rubrique « Mes arrêts de travail »).
  3. Mettez à jour vos coordonnées bancaires si nécessaire pour recevoir les virements dans les délais.

Suivi et réclamation en cas de problème

  • Si vous n’avez pas reçu de versement au bout de 2 semaines après le 4e jour d’arrêt, contactez la CPAM via ameli.fr ou le numéro gratuit 36 46.
  • En cas de contestation d’une décision (refus d’indemnisation, interruption de versement), vous pouvez saisir la Commission de recours amiable (CRA) de votre CPAM dans les 2 mois suivant la notification.
  • Un refus de la CRA peut être suivi d’un recours auprès du tribunal judiciaire compétent (pôle social).

Fiscalité des indemnités journalières : sont-elles imposables et à quel taux

Contrairement à une idée reçue assez répandue, les indemnités journalières maladie versées par l’Assurance Maladie ne sont pas imposables à l’impôt sur le revenu dans le cas général. Selon les informations publiées par la Direction générale des finances publiques (impots.gouv.fr), les IJ ordinaires versées par la CPAM n’ont pas à figurer dans votre déclaration de revenus annuelle et ne supportent pas de prélèvement à la source.

En revanche, une nuance importante s’applique : les IJ versées au titre d’une affection de longue durée (ALD) sont partiellement imposables à hauteur de 50 % de leur montant. Ce régime dérogatoire est précisé dans l’article 80 quinquies du Code général des impôts.

Pour la part de maintien de salaire versée directement par votre employeur, les règles fiscales habituelles s’appliquent : cette somme est considérée comme du salaire ordinaire, soumise à l’impôt sur le revenu et aux cotisations sociales. Si vous bénéficiez à la fois des IJ de la CPAM (non imposables) et d’un complément employeur (imposable), seule la part versée par l’entreprise apparaît dans votre bulletin de paie et dans votre déclaration.

Pour éviter une surprise lors de votre déclaration, pensez à vous référer au récapitulatif annuel que vous adresse votre CPAM, lequel précise les montants versés et leur nature fiscale. Une bonne gestion de sa santé passe aussi par une lecture attentive de ces documents administratifs.

Cas particuliers : temps partiel thérapeutique, accidents du travail et travailleurs indépendants

Temps partiel thérapeutique (TPT) : reprendre progressivement

Le temps partiel thérapeutique permet à un salarié de reprendre son activité à temps réduit après un arrêt maladie, sur prescription médicale, lorsque la reprise à temps plein est médicalement contre-indiquée. Pendant cette période, le salarié perçoit son salaire partiel de l’employeur et un complément d’IJ versé par la CPAM, à condition que le revenu total reste inférieur au salaire perçu avant l’arrêt. Ce mécanisme facilite le retour au travail tout en préservant une partie de la compensation financière.

Accidents du travail et maladies professionnelles

Les accidents du travail (AT) et les maladies professionnelles (MP) bénéficient d’un régime nettement plus favorable que la maladie ordinaire. L’indemnisation débute dès le lendemain de l’arrêt, sans délai de carence. Le montant des IJ AT/MP est plus élevé : 60 % du salaire journalier de référence durant les 28 premiers jours, puis 80 % à partir du 29e jour, selon les barèmes publiés par la CPAM. Ces montants sont calculés sur la base du dernier salaire mensuel et non sur une moyenne de 3 mois.

Travailleurs indépendants et microentrepreneurs

Les travailleurs indépendants, artisans, commerçants et professions libérales non réglementées cotisent à la Sécurité Sociale des Indépendants (SSI, anciennement RSI). Ils ont droit aux IJ maladie, mais avec des conditions plus restrictives : il faut justifier d’au moins 12 mois d’affiliation et les montants sont calculés sur la base du revenu moyen des 3 dernières années. Le délai de carence est de 3 jours pour les indépendants, mais peut être réduit à 0 en cas d’hospitalisation. Les microentrepreneurs dont le chiffre d’affaires est nul ou très faible peuvent se retrouver sans droits effectifs aux IJ, faute de cotisations suffisantes.

Maîtriser vos droits aux indemnités journalières : ce qu’il faut retenir

L’indemnité pour arrêt maladie repose sur un mécanisme structuré mais parfois complexe à appréhender seul. Le socle légal : 50 % du salaire journalier de base, versé à partir du 4e jour d’arrêt, dans la limite des plafonds en vigueur. Ce montant peut être sensiblement amélioré par le maintien de salaire de votre employeur et un éventuel contrat de prévoyance collectif.

Trois actions concrètes à engager dès maintenant : vérifiez vos droits ouverts en consultant votre espace ameli, renseignez-vous auprès des RH sur votre convention collective et ses conditions de maintien de salaire, et conservez systématiquement une trace écrite de chaque démarche accomplie. En cas de retard ou de refus de versement, la CPAM reste joignable au 36 46 (appel gratuit depuis un poste fixe) et via le formulaire de messagerie sécurisée d’ameli.fr.

Enfin, si votre arrêt s’inscrit dans le cadre d’une pathologie chronique, une demande de reconnaissance en ALD peut changer radicalement les conditions d’indemnisation : suppression du délai de carence, durée de versement étendue à 3 ans, et régime fiscal plus favorable. C’est une démarche à envisager avec votre médecin traitant dès que la situation s’y prête.

Questions fréquentes

Comment sont calculées précisément les indemnités journalières maladie ?

Formule officielle : (Salaire des 3 derniers mois divisé par 91,25) multiplié par 50 %. Exemple : 1 800 € / 91,25 × 50 % = 9,86 € par jour, plafonné à 60,15 € en 2025.

Qui paie réellement l’arrêt maladie : l’employeur ou la CPAM ?

L’Assurance Maladie (CPAM) verse les IJ légales. L’employeur peut verser un maintien de salaire via convention collective. Certains employeurs se font rembourser par la CPAM (subrogation), mais le salarié reçoit dans tous les cas.

Quel est le délai de carence et pour combien de jours ne suis-je pas payé ?

3 jours de carence : vous ne recevez rien les 3 premiers jours d’arrêt. À partir du 4e jour, les IJ démarrent (sauf exceptions : ALD, accident du travail, maladie professionnelle).

Combien de temps les indemnités journalières sont-elles versées ?

Durée légale : 30 jours en 1re année d’ancienneté, 60 jours après 1 an, 90 jours après 5 ans. Au-delà, allocation d’invalidité ou rente possible.

Les indemnités journalières maladie sont-elles imposables sur ma déclaration d’impôts ?

Non, les IJ versées par l’Assurance Maladie ne sont pas imposables. Seul le maintien de salaire de l’employeur suit les règles fiscales normales.

À propos de l'auteur
Marc L.

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